Fondi speciali
Ai nuclei storici della Biblioteca si aggiunsero, nel corso dei secoli XIX e XX, importanti doni, lasciti e acquisti di fondi speciali: già nel 1857, la libreria poliglotta del cardinale
Giuseppe Gaspare Mezzofanti, acquistata da Pio IX per 2000 scudi, venne da questi donata alla Biblioteca . Soprattutto nei primi tre decenni del '900 entrarono a far parte del patrimonio, per lascito o acquisto da parte del Ministero dell'educazione nazionale, le librerie private di studiosi e professori legati all'ateneo bolognese: la biblioteca di
Alfredo Trombetti (1866- 1929), accademico d'Italia, professore di filologia semitica e di glottologia, ricca di oltre 2000 opere di argomento linguistico e ideale complemento della raccolta del Mezzofanti; la biblioteca di
Pietro Toldo ( 1860-1926), comprendente 2500 volumi di letteratura francese e comparata; la biblioteca di
Vittorio Puntoni (1859-1926), grecista, socio nazionale dei Lincei, senatore, con oltre 1000 volumi e 2000 opuscoli di filologia classica e di lingue antiche; il fondo
Cesare Taruffi (1821-1902) di teratologia e anatomia patologica; la libreria di
Salvatore Fragapane (1868-1910) dedicata alla filosofia del diritto e alle scienze sociali; e i fondi
Tambroni,
Perozzi,
Pirani,
Brugnoli, per citare solo i più importanti. Nel 1935 pervenne alla Biblioteca l'archivio di
Pietro Ellero (1833-1933), professore di diritto e procedura penale.

La
Raccolta bibliografica della Guerra delle Nazioni, fra i fondi speciali moderni, riveste un particolare valore storico e documentario: formata e organizzata da Giuseppe Fumagalli, bibliotecario dal 1913 al 1920, e accresciuta in seguito attraverso acquisti, doni, scambi, comprende oggi più di quattromila volumi e seimila opuscoli e numerose pubblicazioni minori o "curiosità bibliografiche", quali manifesti, cartoline, bandi, diarii, tutti relativi alla prima guerra mondiale: essa è considerata la prima fra le collezioni del genere presenti in biblioteche italiane e una fra le più importanti in Europa.
Il fondo denominato
Biblioteca Militare, già appartenente al Presidio militare di Bologna, comprende 7000 volumi ed opuscoli.

Tra i fondi pervenuti, nel dopoguerra, come contributo alla ricostruzione delle biblioteche danneggiate dal conflitto, sono da segnalare la
Libreria americana, offerta dall'U.S.I.S. di Bologna e composta di oltre un migliaio di moderni trattati scientifici, e il dono dell'
American Book Center for war devastated Libraries, composto di 1417 opere.
Ultimo, in ordine di tempo, è il fondo
Romeo Ballardini, l'architetto che negli anni '90 progettò i nuovi spazi della biblioteca: 600 opere di architettura, urbanistica, storia dell'arte.